Nel Trecento furono attive in Assisi una decina di fraternite di Disciplinati o Flagellanti o Battuti, alcune delle quali fondate ai primi del secolo (qualcuna parrebbe addirittura negli ultimi anni del XIII), a dimostrazione del fatto che il Moto penitenziale, sorto a Perugia nel 1260 per opera di fra Raniero Fasani, si era qui profondamente radicato grazie, soprattutto, alla presenza dei francescani.



La più antica menzione riguardante la Fraternita di S. Maria del Vescovado è rintracciabile nel catasto dei beni delle chiese della diocesi di Assisi che data dall'anno 1354. 
Nel 1362 certo Maragoncello di Andruccio di Assisi (Maragoncellus q. Andrutii Ciccarelli Maragonis de Assisio) lasciava, facendo testamento, cento soldi alla Fraternita dei Disciplinati di S. Maria del Vescovado (fraternitati dissiplinatorum s. Marie episcopatus). Ci risulta poi che nel 1364 un certo Matteo «Cece Bilole» era procuratore del medesimo sodalizio (Mactheus Cece Bilole..., procurator fraternitatis dissiplinatorum s. Marie episcopatus) e che nel 1384 un tal Contuccio «Lutii» era sindaco e procuratore della Fraternita dei Disciplinati di S. Maria Maggiore di Assisi.
Come si vede, il medesimo sodalizio confraternale era indifferentemente detto "del Vescovado", a motivo della sua vicinanza all'episcopio di Assisi, o "di S. Maria Maggiore", per essere prossimo all'omonima chiesa annessa alla sede del vescovo, che fino al primo ventennio del sec. XI era stata la cattedrale della città. Per questa vicinanza al Vescovado, la fraternita era anche detta "dell'area del'episcopio" (fraternitati s. Marie de Area episcopatus).


Da un atto del 1426 si apprende che la Fraternita dei Disciplinati di S. Maria del Vescovado era pure definita "di S. Biagio" (fraternitatis disciplinatorum s. Marie episcopatus sub vocabulo s. Blaxii nuncupata).
Da un atto dell'anno 1448 si ha notizia di certe case suites alla fraternita, certamente vicine o annesse alla medesima (in domibus fraternitatis s. Marie episcopatus). Si tratta quasi certamente delle costruzioni tuttora esistenti ed attigue alla chiesa e sede del sodalizio laicale. Tali case nel 1482 sono dette confinanti, da un lato, con la "strada pubblica" (l'odierna via S. Agnese), mentre sugli altri tre lati confinavano con i beni dell'ospedale dei lebbrosi, che sorgeva a S. Maria Maddalena "de Arce".
Nell'anno 1468 un tale Giacomo di Bartoluccio, detto "Belladonna", di Assisi, lasciava un fiorino in favore di dette case (reliquit fraternitati s. Marie episcopatus flor. unum pro fabrica domorum dicte fraternitatis).
Dell'esistenza di una chiesa-oratorio si ha una prima menzione soltanto nel 1426, anno in cui vi si tiene un capitolo della fraternita; ma ciò non significa che detta chiesa non esistesse ancor prima. Notizia analoga si ha per il 1453, allorché si dice anche che la chiesa è situata nel rione di Porta S. Chiara.

Sopra il portale d'accesso all'area della fraternita - comprendente 
chiesa e case - intorno all'anno 1330 veniva dipinta da un anonimo seguace del Maestro Espressionista di 
S. Chiara un'edicola votiva raffigurante una  "Madonna col Bambino tra i SS. Francesco 
e Chiara" e, nell'intradosso, l' "Agnello 
Mistico" e i "SS. Biagio e Giovanni Battista". 




All'esterno dell'edicola figurava un "S. Cristoforo", oggi pressoché interamente scomparso.
Davanti a questa Maestà, tra l'orto e la porta dell'oratorio da un lato e i beni del notaio Angelo di ser Giovanni, posti sull'altro lato della via, il 2 febbraio 1424 veniva stipulato un atto di vendita fra privati cittadini di Assisi: segno dell'importanza del luogo.
Dall' oratorio o chiesa della Fraternita di S. Maria del Vescovado o di S. Biagio, vengono pure alcuni affreschi del ricordato pittore, finiti in parte nella Pinacoteca comunale di Assisi e in parte al Museo di Belle Arti di Budapest. Da qui vengono pure due gonfaloni di Niccolò di Liberatore, detto l'Alunno, uno dei quali è oggi conservato nella Pinacoteca di Assisi, mentre l'altro è trasmigrato nel Petit Palais di Avignone.
Un' ulteriore importante notizia per la storia della Fraternita di S. Maria del Vescovado (ma siamo ormai in età moderna) è del 1527, anno in cui in favore di essa si registra un lascito di sei fiorini da parte di un tal «Berardino», detto «Massuccio Belledonne», probabile discendente di quel Giacomo su ricordato, che più di sessant'anni prima si era interessato di un gonfalone da far dipingere e delle case del sodalizio da riattare.
Finchè, nel 1772 per volere dell'  allora vescovo di Assisi mons. Nicolò Sermattei, la Confraternita di S. Maria del Vescovado (ex Fraternita dei Disciplinati di S. Maria Maggiore o del Vescovado) veniva soppressa insieme con altri consimili sodalizi laicali cittadini (S. Gregorio, S. Vitale, S. Lorenzo, S. Pietro) per dotare " di nuove rendite il Seminario" di Assisi.
Passati al Seminario i beni dell'ex Confraternita di S. Maria del Vescovado, la chiesa, che era stata oratorio di tale sodalizio, nel 1790 verrà assegnata dal vescovo mons. Zangari all'antica Società dei Calzolai o Confraternita di S. Crispino, rimasta senza sede.
Da quel momento la nuova denominazione della chiesa e annesso complesso sarà quella di "S. Crispino", giunta ai giorni nostri.
Nei primi decenni del '900 la Confraternita di S. Crispino, ormai in ineluttabile decadenza con l'insieme dei fabbricati, compresa l'antica chiesa, passerà definitivamente nelle mani di privati.

Prof. Francesco Santucci ricercatore e storico in Assisi